Ernesto Guevara de la Serna naît le 14 juin 1928 à Rosario, Argentine, de Ernesto Guevara Lynch et Celia de La Serna, tous deux d'ascendance basque, irlandaise et espagnole. Beaucoup d'éléments indiquent cependant que sa date de naissance officielle ait été reculée d'un mois pour éviter un scandale, car trop proche du mariage[6].
Ses parents font partie d'une aristocratie souvent désargentée penchant vers des idées de gauche non autoritariste, s'opposant notamment à Perón et à Hitler. La tante d'Ernesto, qui a élevé sa mère à la mort prématurée de leurs parents, est communiste.
Aîné de 5 enfants, il vit d'abord à Córdoba, la seconde ville du pays. Dès l'âge de trois ans, il apprend le jeu d'échecs auprès de son père et commence à participer à des tournois dès 12 ans[7]. Sa mère lui enseigne le français qu'il parlera couramment[8].
Ernesto Guevara de la Serna se fait rapidement connaître pour ses opinions radicales même à un âge pourtant précoce. Il admire Francisco Pizarro et voudrait être un de ses soldats[9].
Toute sa vie, il subit de violentes crises d'asthme, qui l'accablent dès l'enfance. Il affronte cette maladie et travaille afin de devenir un athlète accompli. Malgré l'opposition de son père, il devient joueur de rugby. Il gagne alors le surnom de « fuser », (une contraction de furibundo (« furibond ») et du nom de famille de sa mère, « Serna ») à cause de son style de jeu agressif[10].
Durant son adolescence, il met à profit les périodes de repos forcés de ses crises d'asthme pour étudier la poésie et la littérature, depuis Pablo Neruda en passant par Jack London, Emilio Salgari et Jules Verne, jusqu'à des essais sur la sexualité de Sigmund Freud ou des traités sur la philosophie sociale de Bertrand Russell. Il écrit des poèmes (parfois parodiques) tout au long de sa vie comme cela est courant chez les Latino-Américains de son éducation. Il développe également un grand intérêt pour la photographie.
En 1948, il entreprend des études de médecine à Buenos Aires. Durant cette période, il songe à se marier avec une fille de la haute société argentine et à s'établir, mais il ne peut mener ce projet à bien à cause de l'opposition de la famille de cette dernière, de sa propre personnalité déjà jugée anticonformiste, et de son désir grandissant de voyages et de découvertes.
